Het studentenleven in Wageningen begon allemaal met de oprichting van de Hogere Landbouwschool. Het aantal studenten op de landbouwschool was in het begin zeker niet hoog, maar in het begin van deze eeuw kwam hier verandering in. Het aantal steeg explosief van 60 naar 160. Deze studenten maakten in die tijd al dan niet de keuze tussen het Wagenings Studenten Corps en de Wageningse Studenten Bond. Een vereniging voor alleen katholieken was er niet, toch wilden zij iets voor zichzelf hebben. Zodoende werd op 7 november 1910 een Katholieke Studentenvereniging opgericht. De leden van deze vereniging kwamen bij elkaar om door gesprekken, cursussen en godsdienstige bijeenkomsten hun katholieke geloof beter te kunnen begrijpen.
De openingsvergadering vond plaats in hotel "De Wereld". De heer W. Bronkhorst, Praeses der R.K.S.V. Veritas te Utrecht kreeg het voorlopig praesidium overgedragen. De heer Bronkhorst voelde zich natuurlijk zeer vereerd dat hij het nieuwe bestuur mocht installeren en daarmee de gedachten der Rooms Katholieke studenten te Wageningen tot hun verwezenlijking mocht brengen. Na nog enkele hartelijke woorden verzocht hij allen op te staan en installeerde met drie hamerslagen het bestuur. Ook reikte hij de bestuurslinten uit. Hierna droeg de heer Bronkhorst het Praesidium over aan de heer A. Roebroek. Deze hield vervolgens de openings- en tevens installatierede. De heer Roebroek uitte wat dankwoorden en spoorde de leden aan, steeds trouw te zijn aan de witgele banier. Na deze dankwoorden opende hij de vergadering met de woorden: “Ik, Praeses, open, tot welzijn van den Roomschen Landbouwstudent, tot meerderen bloei van het katholieke leven, tot meerderen eer en glorie van God ende den wensch, dat zij steeds bloeie en groeie in een eeuwig jeugdige lente, de R.K. Studentenvereniging "Sint Franciscus Xaverius" onder de zinspreuk "In Fide Fides".
De vereniging telde in het begin 20 leden. Als wapen werd voor een ring en een kruis gekozen; de ring als symbool voor trouw en het kruis als teken van geloof. Het ledenbestand was van het begin af aan al niet spectaculair hoog en nam in de jaren na de oprichting ook steeds verder af. In 1915 telde de vereniging nog maar 3 leden. Aangezien dit niet ongelofelijk veel is, werd in een vergadering besloten dat de vereniging een verborgen leven zou ingaan. Twee jaar later was er weer een lichtpuntje. In dat studiejaar waren er namelijk weer acht eerstejaars die zich als lid aanmeldden. Hierdoor besloot men om weer uit de verborgenheid te komen. Uit de leden werd een bestuur gekozen, dat moest zorgen dat Franciscus uitgroeide en dat Franciscus toegelaten werd tot de Unie van Katholieke Studentenverenigingen. Dit laatste lukte in 1922, toen de statuten van de vereniging koninklijk werden goedgekeurd. Hierbij kreeg Franciscus ook toestemming van de Aartsbisschop om een moderator te zoeken. Men vond deze in de persoon van pater Kors, die onder andere cursussen organiseerde.
Langzaam aan werd de groep katholieke studenten in Wageningen steeds groter; daarom besloot de vriendenkring zich uit te bouwen tot een gezelligheidsvereniging, zodat alle katholieke studenten lid konden worden. Dit was ook het jaar dat het eerste vrouwelijke lid zich bij de vereniging aansloot. Hiernaast werd ook flink gebruik gemaakt van het feit, dat het landbouwonderwijs haar 50-jarig bestaan vierde, om extra nieuwe leden te werven. Op de jonge vereniging waren steeds meer activiteiten. Er kwam een kroegcommissie, een kandidaatscommissie, een missieclub, een studentendrankbestrijdingsclub, enzovoort. Met het opkomen van al deze activiteiten en het steeds groter worden van het aantal leden, kwamen ook de problemen met de beschikbare ruimte. Er werd wat heen en weer gesjouwd, van het ene landbouwhogeschoollokaal naar het andere. Hierin kwam in 1928 verandering, toen men in kon trekken in de voormalige pastorie aan de Heerenstraat. Dit pand was beschikbaar gesteld door de KNBTB via de stichting "Eigen Huis". De sociëteit was zo goed mogelijk ingericht als studentenvereniging, maar was nog altijd herkenbaar als pastorie. Hier, in het Heerenstraatje, was genoeg ruimte om alle activiteiten te ontplooien. Het aantal leden steeg gestaag en liep op tot ongeveer 50 personen in de jaren voor de oorlog. Veruit het grootste gedeelte hiervan bestond uit mannen. Van deze 50 leden waren er ongeveer 35 echt actief lid. De studenten die voor de oorlog aan de landbouwhogeschool studeerden, woonden in bij particulieren. Diegenen die lid waren van een studentenvereniging aten ‘s avonds meestel op de kroeg. In deze tijd waren er in Wageningen ongeveer 500 studenten. Het grootste gedeelde, de helft, was lid van het Wagenings Studenten Corps, een gedeelte zocht haar geluk bij Franciscus en een klein aantal bij SSR-W, dat begin jaren dertig het licht zag. Verder was er natuurlijk nog een grote groep nihilisten, die wel aanmerkelijk kleiner werd toen Unitas Studiosorum Vadae opgericht werd.
Het lidmaatschap van Franciscus kon verkregen worden via een verplichte kennismakingstijd.
De Duitse inval van mei 1940 zorgde ervoor dat Wageningen geëvacueerd moest worden, omdat het stadje werd blootgesteld aan heftige beschietingen en ander oorlogsgeweld. Toen de Franciscanen terug konden keren naar hun Heerenstraatje, bleek dat ook de kroeg had geleden onder de beschietingen: Er waren enkele voltreffers in de kroegzaal, waardoor de ellende van tijdelijk onderdak, reparatie, gedeeltelijke herbouw enzovoort weer van voren af aan begon. Met de reparatie van de sociëteit werd besloten om het gebouw tegelijkertijd te verbouwen, omdat het toch langzamerhand te klein werd voor het aantal leden. Tevens werd in het begin van de oorlogsjaren besloten tot het uitgeven van een verenigingsblad onder de naam "Bouwvoor". Zeven jaar eerder was hier ook al een poging toe gedaan, maar toen bleef het daarbij. In 1942 besloten de Duitsers dat het bestaan van studentenverenigingen in Nederland niet samen ging met de gedachte over de vrije meningsuiting (die was er namelijk niet). Zodoende besloten de bezetters dat Franciscus niet meer in het dagelijks leven van Wageningen paste. Na de tweede wereldoorlog kwamen er enkele veranderingen. Vooral het aantal leden veranderde enorm: er trad namelijk een verdubbeling op. Dit kwam vooral doordat diegenen die in 1942 de introductie moesten afbreken, zich toch weer als lid aanmeldden. Ook waren er nu voor het eerst mensamaaltijden te krijgen voor het bedrag van fl. 1,-. Door de toename van het aantal leden moest de sociëteit wederom verbouwd worden. In deze jaren werd ook voor het eerst het kaalscheren ingevoerd, eerst als experiment. Deze kale hoofden tijdens de introductietijd bleken een groot succes en men besloot dit de komende jaren vol te houden.
Op 30 januari 1953 werd de ondervereniging "Ditae" opgericht. Deze ondervereniging was bedoeld voor de vrouwelijke leden van St. Franciscus Xaverius, onder de zinspreuk "Distinctae sed non separatae" wat betekent: "onderscheiden doch niet gescheiden". De kleur van de Ditae was geel. Dit vrouwenclubje stelde zich ten doel de vrouwelijke belangen in de verenigingen te behartigen. Men wilde hierin streven naar een grotere zelfstandigheid. Dit mocht niet leiden tot een verstarring van de gegroeide banden met de mannelijke leden, maar moest juist een stimulans zijn. In de praktijk ging het zo, dat de vrouwelijke leden na 11 uur ’s avonds niet meer de kroeg in mochten, maar Ditae had niet de beschikking over een eigen plek op het Heerenstraatje. De enige plek waar alleen vrouwen mochten komen was het damestoilet. De regels werden in de loop van de tijd wel steeds minder streng. Zo mochten vrouwen steeds langer in de kroegzaal blijven en uiteindelijk waren er helemaal geen beperkingen meer ten opzichte van de mannelijke leden.
Studeren werd in de loop van de tijd steeds populairder en zo ook het studerend Wageningen. Dit had tot gevolg dat het aantal leden van St. Franciscus bleef groeien. Weer kwam het gevaar dat de kroeg te klein werd. Men kwam nu voor de keuze te staan, of de sociëteit voor de zoveelste keer verbouwen of een nieuwe plek voor de vereniging zoeken. Besloten werd uiteindelijk voor het laatste. De nieuwe bouwlocatie zou komen op de Stadsbrink. Zo gezegd zo gedaan, de eerste steen werd gelegd op 30 oktober 1965 door dhr. Mertens, voorzitter van de Stichting Eigen Huis. Na bijna twee jaar bouwen was het dan eindelijk zover. De feestelijke opening vond plaats op 5 april 1967. De naam van de nieuwe sociëteit werd Cantil, wat ‘steile rots’ betekent.
Door het verhuizen naar Cantil werden veel oude mores afgeschaft. Zo werd het dragen van een das, wat voor die tijd verplicht was, steeds minder streng nageleefd. Het eerste jaar dat in het nieuwe gebouw introductie liep was ook het laatste jaar dat kaalgeschoren werd. Men achtte al deze dingen niet meer zo nodig voor de vereniging. De tijden veranderden.
Vanaf het begin van de oprichting had men altijd een jaarbestuur gehad. Begin jaren zeventig werd jaarbestuur omgezet in een halfjaarbestuur. Verder werd er een bargilde in het leven geroepen. Het bargilde zou voortaan de bardiensten gaan verzorgen, inclusief die van Utopia. Utopia was in het begin een weekendkelder. De opening hiervan was onregelmatig, dit vanwege het feit dat de vergunning regelmatig werd ingetrokken. Om dit toch beter te regelen kwam het beheer van Utopia in handen van een stuurgroep, die uit tweedejaars leden bestonden.
In 1971 werd het verenigingsblad "Bouwvoor" opgeheven. Na 30 jaar was er geen animo meer om het voort te zetten, de bestuursmededelingen verschenen nu voortaan in de vorm van een convocaat (= samenroeping). Een vereniging zonder eigen blad kon toch eigenlijk niet, dus zodoende werd twee jaar later besloten een nieuw blad op te richten. Dit gebeurde onder de naam "Canttekening". Hiernaast bleef het convocaat afzonderlijk voortbestaan. 1973 was ook het jaar waarin het Aller Heiligen Convent het licht zag. Het AHC werd opgericht als een soort vervanging van de Unie van Katholieke Studentenverenigingen, maar de verenigingen waren niet meer allemaal katholiek en Augustinus uit Leiden en Thomas uit Amsterdam kwamen er niet meer in voor. Tien jaar later zou Quintus zich als zusje aansluiten bij het AHC. Later heeft L.A.N.X. uit Amsterdam de stap tot toetreden van het AHC gezet en deze vereniging is inmiddels 10 jaar volwaardig aangesloten bij het AHC. Momenteel zit SV Circumflex uit Maastricht in het drie jaar duren traject tot het worden van volwaardig AHC lid.
In 1987 overleed kardinaal Alfrink. Dhr. Alfrink was in totaal 26 jaar beschermheer van St. Franciscus Xaverius geweest. Twee jaar later werd Mgr. Drs. J.B. Niënhaus, hulpbisschop van Utrecht, tot nieuwe beschermheer benoemd. Na diens overlijden in 2001 werd Henk Janssen OFM aangesteld als beschermheer.
Jarenlang was Heineken de pils die op de sociëteit getapt werd, maar hier kwam begin jaren tachtig een eind aan. De keuze viel toen op Dommelsch. Na een paar jaar van schommelende prijzen kwamen deze vast te staan op het luttele bedrag van fl. 0,90 in de kroegzaal en fl. 1,10 in Utopia. In 1990 kwam er weer een prijsverhoging. De prijs werd respectievelijk fl. 1,- en fl. 1,25. Enkele jaren later ging Franciscus over op Bavaria en werden de prijzen in zowel de kroegzaal als Utopia fl. 1,25. In 2007 schakelde men over op Jupiler wat € 1,10 per glas kost, dit was echter geen prijsverhoging omdat de glazen ook groter zijn geworden.
Tegenwoordig is K.S.V. St. Franciscus Xaverius een bruisende grote actieve studentenvereniging die veel actieve leden heeft. De katholieke grondslag is echter meer naar de achtergrond verdwenen. Dit betekent echter niet dat de katholieke achtergrond van geen enkele betekenis meer is. Ieder jaar wordt de Dies Natalis en de inauguratie van de eerstejaars voorgegaan door een mis in de katholieke kerk van Wageningen. Ook wordt iedere Algemene Ledenvergadering begonnen met een christelijke groet.
Terugkijkend op het bovenstaande kan geconcludeerd worden, dat K.S.V. St. Franciscus Xaverius een bewogen geschiedenis kent. Of de toekomst ook bewogen zal zijn, is niet te voorspellen. Echter, aangezien de hoge ledeninzet en gedrevenheid, kan verwacht worden dat dit geschiedenisverhaal veel langer gaat worden. De 18e lustrumcommissie koos in 2000 niet voor niets het thema "Franciscus; the never ending story", in 2010 werd tijdens het eeuwfeest gevierd dat KSV Sint Franciscus eeuwig (voort) zal bestaan. Dit Eeuwfeest droeg het thema 'Magnum Opus', Franciscus in ons meesterwerk!