Onderverenigingen zijn kleine verenigingen binnen KSV Franciscus. Zij werken op zichzelf, maar ze bestaan wel volledig uit leden van de vereniging. Ze houden zich bezig met culturele activiteiten, met deze onderverenigingen kun je je ook op een verdiepende manier ontplooien en hierdoor alle kanten op.

Vereniging Oud Franciscanen (www.verenigingoudfranciscanen.nl)

Deze grootste en jongste ondervereniging van Franciscus wordt bestuurd door een zeven-koppig team van oud-franciscanen. Deze officiele ondervereniging biedt reunisten de mogelijkheid om onderlinge banden in stand te houden of weer aan te halen. Ze houdt reunisten op de hoogte van wat er zich afspeelt op KSV Franciscus en organiseert activiteiten voor haar leden. Ook hebben zij de reünistencanttekening in het leven geroepen.

Toneelvereniging de Zingende Tractor

Deze ondervereniging bestaat uit meerdere leden die ieder jaar gedeeltelijk van samenstelling wisselt. Zij studeren onder leiding van een regisseur ieder jaar weer een nieuw toneelstuk in. Dit wordt uiteindelijk tijdens de diesweek opgevoerd in het theater van Wageningen, de Junushoff.

The Able Bodied Seamen (www.jazzbandabs.nl)

De ABS is de swingende dixieland-band van de vereniging. Zij spelen studentikoze dixie, niet alleen op de kroeg maar ook daarbuiten. Zo zijn ze elke zomer te horen in Saint-Tropez en zijn ze winnaar geweest van de Neerlands Studenten Jazz Contest.

Band "Liever zonder haar" ( www.lieverzonderhaar.nl )

De laatste jaren is deze coverband elke jaar te horen op het AHC Songfestival. Naast alle coverliedjes hebben ze ook een eigen repertoire. Vooral op maandagavonden is deze band nog al eens te horen op de kroeg maar ze zijn ook bekend van het AID lied van de AID van 2002.

Wielerondervereniging "de Hell-riders"

Een groep wielrennende Franciscanen doet ieder jaar mee aan de Hel van Wageningen. Dit is een wielerwedstrijd over meer dan 200 km. Elke week gaan zij samen trainen maar zij verzorgen ook culturele avonden zoals een lezing van Frank van Rijn die onlangs heeft verteld over zijn fietstochten.

Officieuze ondervereniging "De Ballen"

Deze sportieve Franciscanen met veel balgevoel zijn al meerdere seizoenen ongeslagen. Zij spelen vooral op donderdagavond waarna zij de derde helft op Cantil inzetten. Ook doen zij mee aan voetbaltoernooien in o.a. AHC-verband waardoor hun roem niet alleen tot Wageningen beperkt blijft.

Officieuze ondervereniging "Heeren hoeden alstublieft"

Het studentenleven van een Franciscaan gaat vaak gepaard met een gebrek aan geld. Het dragersgilde der Katholieke Studentenvereniging Sint Franciscus Xaverius vangt dit gebrek op. Momenteel zijn er een kleine 30 Franciscanen actief aan het werk bij 'Ferentes', een bedrijf dat dragers aanleverd tijdens uitvaarten. Uitvaarten die tot in de puntjes door dit gilde worden verzorgd en een gilde dat achter de schermen ook nog plezier met elkaar heeft.